En el colegio San Jose Jesuitak se prioriza el objetivo de impulsar el desarrollo integral y libre del alumnado.
En este sentido, en Primaria se trabaja sobre las emociones para una convivencia positiva. El objetivo es buscar un conocimiento profundo de uno mismo y fomentar un cuidado interpersonal no estereotipado. En el día a día se trabajan valores como la empatía y la construcción de la personalidad al margen de estereotipos.
En el colegio San José Jesuitak la coeducación tiene una gran importancia. Así, además de tener una estrategia para toda la escuela, en cada ciclo se utilizan herramientas o técnicas específicas para trabajar la coeducación.